Bien qu’on ait trouvé des  traces d’occupation  humaine dans la vallée du Cady (grottes et dolmens) dès la   préhistoire, l’histoire de Vernet les Bains remonte au IIème siècle avant J.C.  A cette époque, le minerai de fer commence à être exploité et  de part et d’autre des rivières, trois hameaux se développent : St Vincent, Castrum Verneti et Saint-Saturnin.

En  l’an 863 apparaît le nom  de Villa Verneto et en l’an 880, c’est le château de Vernet qui est mentionné.

Au IXème siècle, le territoire de la Marca hispanica (dont les contours  correspondent aux actuels départements des Pyrénées Orientales, de l’Aude et de la Catalogne espagnole) est dominé par trois  dynasties comtales carolingiennes, représentantes de l’empereur, les Comte de  Roussillon-Perelada-Empuries (au Nord Est), Pallars Ribargorça (Nord Ouest) et Urgell-Cerdagne (Centre). Vernet relève de l’autorité des comtes de Urgell Cerdagne.

Au fil du temps cependant, le pouvoir impérial s’affaiblit et l’autonomie de ces lignages comtaux s’affirme. Ces aristocrates jouent un rôle important dans l’établissement des abbayes (désertées en Catalogne espagnole par crainte de l’envahisseur musulman).

C’est ainsi que Guifred de Cerdagne-Conflent fonde l’abbaye de Saint Martin du Canigou qu’il dote des territoires de Vernet et de Casteil entre 1007 et 1009.

Ce début de XIème siècle voit l’émergence d’une petite aristocratie militaire et locale qui se livre à de nombreuses exactions contre les biens des paysans et de l’église. En 1027, un synode réuni à Toulouges rappelle le principe de l’inviolable  « cercle de paix de 30 pas de rayon autour des églises »

A Vernet, la population se rassemble pour se protéger autour du château car il appartient à l’abbaye.
En ce XIème et XIIème siècle, le pouvoir seigneurial s’établit et le système féodal s’installe. Parmi ces nobles, on trouve la  famille de Vernet (Guillaume, Pons, Pierre et Raymond)  qui fait de nombreux dons à l’abbaye de Saint-Martin du Canigou. A la fin du XIIème siècle, la famille de Vernet a légué la presque totalité de ses biens à l’abbaye après des relations étroites et quelquefois conflictuelles.

Au XIIIème siècle, Jaume Ier, appelé le Conquérant car il a ajouté de nombreux territoires, divise son royaume entre ses deux fils ;  il cède à Pierre l’aîné,  l’Aragon et à Jacques le cadet, le Roussillon et les îles Baléares (Royaume de Majorque).
Entre 1276 et 1344, les comtés du nord des Pyrénées –ainsi que Montpellier-  font partie de l’éphémère royaume de Majorque qui va durer 68 ans. La paix et la prospérité vont être de courte durée puisque le frère aîné de Jacques II de Majorque, Pierre d’Aragon ne va jamais accepter ce partage ;  ses héritiers vont prendre  la relève pour contester cette partition jusqu’à ce que le royaume de Majorque, vaincu, prête allégeance à la couronne d’Aragon  Pendant les guerres et conflits qui vont se poursuivre au XIVème siècle, l’extraction  minière prend un nouvel essor à Vernet alors que les forges étaient sur le point de disparaître à cause de la pénurie du bois. Plus tard, les partisans de Vernet  du roi  Jacques III de Majorque  vont payer durement leur soutien à ce dernier et  Les communautés de Vernet, de Cerdagne et de Conflent sont surtaxées.  Par comble de malchance, ce funeste XIVème siècle voit l’apparition d’un fléau comme la peste noire qui fauche  une bonne moitié de la population.

Au XVème siècle, Ferdinand le Catholique est roi de Castille. Ses successeurs devenus aussi rois d’Aragon, héritent de la Catalogne ainsi que du  Roussillon, de la Cerdagne et du Conflent.. L’ensemble du territoire se retrouve sous domination espagnole en conflit avec la France. Louis XI, prêteur de fonds, occupe les places fortes du Roussillon pour se rembourser ;  son fils Charles VIII va les  rétrocèder ensuite (en 1493) aux espagnols, (Couronne d’Aragon,  pour se consacrer à la conquête du Royaume de Naples). 
En 1630, c’est la guerre de trente ans. Richelieu est ministre de Louis XIII ; on se bat dans le nord de l’Europe où l’Espagne possède les Pays-Bas et en Roussillon où les troupes françaises « démantèlent le château de Vernet » en 1654.
En 1659, c’est le traité des Pyrénées qui donne les comtés du Nord des Pyrénées à la France et ceux  du Sud des  à l’Espagne. L’idée d’une grande  Catalogne a vécu et cette partition entraînera un ressentiment durable.
En 1660, l’administration royale française a du mal à s’imposer et des conflits ont lieu à propos de l’instauration d’impôts dont les catalans étaient exempts (ex : institution  de la gabelle).
1667-1668 : révolte des « angelets » qui luttent contre l’instauration de l’impôt sur le sel et contre la perte de leurs anciens droits. Cette révolte est réprimée dans un bain de sang à Vernet.

A partir de 1678, Vauban fortifie les places du Roussillon afin de protéger  la frontière (la France et l’Espagne étaient encore en conflit). Mont-Louis, Villefranche- de-Conflent, Arles sur Tech, Collioure, Bellegarde et surtout Perpignan forment un nouveau réseau défensif. Le Roussillon connaît à cette époque une grave crise économique et un recul démographique.
En 1698, l’abbé de Saint-Martin du Canigou décide de la construction d’ un hôpital militaire près de la piscine commune d’eau thermale où l’on se baignait pêle-mêle dans des conditions insalubres.
En 1710, à Vernet, une inondation détruit tout le village primitif de Villalonga (installé sur la rive gauche du Cadi) et les bains de Vernet sont détruits par un incendie.
En 1715, au moment de la mort de Louis Louis XIV, le Roussillon, la Cerdagne et le Conflent sont  rattachés au Royaume de France mais ne sont pas pour autant considérés comme français à part entière.  
En 1733, la royauté décide de retirer les garnisons françaises et de confier la protection des fortifications aux autochtones.
Au milieu du XVIIIème siècle, l’économie de la province est plus stable mais elle ne bénéficie pas de l’essor du Languedoc voisin (ou de la Catalogne au sud des Pyrénées).

En 1754, Sous le règne de Louis XV, un médecin de Montpellier, Venel, remarque les vertus thérapeutiques de l’eau thermale de Vernet mais regrette le délabrement ou l’inexistence des équipements. L’abbé de Saint-Martin du Canigou –propriétaire des thermes- est sommé de les remettre en état les bains ou de les céder. En 1783, l’abbaye de Saint Martin du Canigou est abandonnée et Vernet perd son statut de terre d’église.
En 1788, les bains sont vendus  au docteur Pierre de Barrera qui restaure le tout, installe des baignoires et des cabines,  promet la gratuité des bains pour les pauvres de Vernet et entreprend la construction d’un véritable établissement  thermal.
En 1789, la révolution française éclate et la province du Roussillon (avec  quelques communautés languedociennes du Fenouillèdes) devient en 1790, le département des Pyrénées Orientales.
A Vernet , l’établissement thermal change de mains et une nouvelle source est découverte tandis  les conflits s’aggravent en Conflent où les espagnols s’emparent de Villefranche. Le général Dagobert va contourner les espagnols par la vallée de l’Aude et reprendre Villefranche. En 1795, après la mort de Robespierre, la paix est signée entre la France et l’Espagne mais la guerre a des effets désastreux sur le département et lorsque Bonaparte s’empare du pouvoir en 1799, les Pyrénées Orientales sont submergées par des problèmes internes.
Entre 1800 et 1808, l’heure est à la reconstruction et si la relance économique est difficile, la métallurgie renaît en Conflent . A Partir de 1808, la guerre avec l’Espagne fait s’effondrer à nouveau l’économie du département et à cette époque (premier quart du XIXème siècle) , les habitants des Pyrénées-Orientales  semblent avoir définitivement adopté la nationalité française. Le département connait une période de mutations et même si la situation reste difficile, l’agriculture et la viticulture se développent,  les activités touristiques commencent aussi à s’implanter et le thermalisme connait un vif succès auprès des classes dirigeantes dans les stations de  Vernet, Molitg et Amélie les Bains.

En 1833, un habitant de Vernet, Monsieur Mercader fait des sondages sur son terrain situé sur la rive droite du Cadi et trouve trois sources d’eau sulfureuse. L’exploitation va commencer avec la construction de l’établissement « les thermes Mercader »  pour recevoir les curistes.
En 1834, Monsieur Morat, propriétaire des premiers bains (ceux de la rive gauche)  revend ces derniers à Messieurs de Lacvivier et Couderc –appelés les Commandants- qui vont construire le bel établissement plus tard appelé  l’hôtel Ibrahim Pacha.
Vernet commence à jouir d’une certaine notoriété et le professeur Anglade de Montpellier attribue cet engouement du public pour Vernet  à la « beauté du site, la pureté de l’air qu’on y respire…efficacité de l’eau… » et ses « résultats thérapeutiques les plus encourageants ».
Un confrère du professeur Anglade, le professeur  Lallemand a comme  patient le fils du pacha d’Egypte et de Constantinople, le prince Ibrahim Pacha. En 1846, il lui prescrit un séjour à Vernet ;  le prince va défrayer la chronique sociale et mondaine et doter Vernet d’une notoriété inédite à la fin du XIXème siècle, au cours de la belle époque.
A partir de 1855, le réseau de chemins de fer est mis en place sur l’ensemble du département. En 1861, la concession minière de Vernet est réouverte et les petites exploitations chez les particuliers se multiplient, la production étant stimulée  par les perspectives de l’arrivée du chemin de fer à Villefranche de Conflent.

Vernet est en expansion avec  le thermalisme, la culture des arbres fruitiers et l’exploitation des mines. Le Conflent et la Cerdagne se sont ouverts aux visiteurs grâce à la construction du train jaune. 
En 1880, les descendants de Monsieur Lacvivier vendent l’établissement thermal d’origine  à trois associés qui à leur tour le cèdent à un ingénieur parisien.
Les thermes Mercader sont quant à eux la propriété du comte de Burnay, grand banquier à Lisbonne qui confie la direction de l’établissement en 1903 à Emile Kiechle. Ce grand directeur allemand va mettre en œuvre la modernisation des équipements et achever la construction de l’hôtel Mercader. Précurseur de la mise en marché moderne, Kiechle  va promouvoir la station auprès d’une clientèle britannique pour l’hiver (l’aristocratie française et espagnole fréquentant Vernet les Bains en été).Au tout début du XXème siècle,  Il va innover  et instaurer des relations presse régulières avec les principaux journaux et agences de presse britanniques. Vernet les bains va connaître des années de gloire et devenir auprès de la clientèle britannique « le Paradis des Pyrénées ». En 1914, Kiechle fonde la société thermale de Vernet les Bains et fait ériger par Gustave Violet, le  monument à l’entente cordiale (pacte entre la Grande Bretagne et la France après le règlement de certains conflits coloniaux ) qui devait être inauguré en Août 1914. Hélas, la guerre éclate à ce moment là et Kiechle de nationalité allemande quitte la France. Après la guerre, la station thermale retrouve un  peu de son éclat et sa clientèle. Les célébrités et l’aristocratie reviennent à Vernet les Bains.

En 1940, les terribles inondations « l’aiguat » suivies de la seconde guerre mondiale portent un coup terrible à l’économie de la ville.  

A partir des années 50, c’est le thermalisme social qui va prendre le relais et une nouvelle étape va s’ouvrir pour Vernet les Bains.