Si bé es cert qu’es  van trobar proves d’ocupació humana a la vall del Cady (coves i dolmens) des de la prehistòria, la historia de Vernet comença al segle II a.c.

En aquesta época, es comença a extraure el ferro al costat dels rius i tres nuclis urbans apareixen : St Vincent, Castrum Verneti i Sant Saturn. A l’any 863, es nomena per primer cop la Villa Verneto i a l’any 880, el castell de Vernet.

Abadia Sant Marti del Canigo

En el segle IX, el territori de la Marca Hispànica (que inclou les comarques actuals del Principat, el país càtar i els Pirineus Orientals) es dominat per 3 dinastíes Carolíngies comtals que representen l’emperador, el comtat de Rosselló-Perelada-Empuries (al nord est) el comtat de Pallars Ribagorça (al nord oest) i el comtat de Urgell Cerdanya (Centre). Llavors, Vernet depèn dels comtes d’Urgell.

Al cap dels anys, peró, l’autoritat del poder imperial minva i l’autonomía dels comtes es reforça.Aquestos comtes tindràn un  paper molt important a l’hora de fundar abadíes (que s’han quedat buides a Catalunya per por de l’invasor arab). Així, en Guifred de Cerdanya Conflent funda l’abadía de Sant Martí del Canigó, i  li dona els territoris de Vernet i de Casteil entre els any 1007 i 1009

Una nova organitzacio territorial

Al principi del segle XI, sorgeix una petita aristocracia militar i local que no té escrupuls a l’hora de robar els bens dels camperols i de l’esglesia. A l’any 1027, un congrès a Toluges recorda el principi de Pau i Treva, un cercle de pau d’una superficie de 30 pasos al voltant de les esglesies.
A Vernet, la població es concentra als voltants del castell que pertany a l’abadía per gaudir de protecció
Durant els segles XI i XII, el poder senyorial amb el sisteme feúdal s’estableix. Entre els nous senyors, hi ha la familia de Vernet (Guillem, Pons, Père i Ramon) que fa moltes donacions a l’abadía. A finals del segle XII, la familia de Vernet ha donat praticament tots els seus bens a l’abadía de Sant Martí, desprès d’unes relacions estretes i a voltes tumultuoses.

En el segle XIII, Jaume I, dit el Conqueridor perquè va afegir nous territoris a la corona, divideix el seu reialme entre els seus dos fills : a n’el gran en Père, dona l’Arago i el territori del Principat i a n’el fill petit, dona el Rosselló, la ciutat de Montpellier i les illes Balears (Regne de Mallorca). El regne de Mallorca durarà 68 anys entre 1276 i 1344. La pau i la prosperitat d’aquest petit territori s’acabaran perquè el germà gran, Père d’Aragó no acceptà mai la partició. Els seus hereus seguiràn amb aquesta oposició i batallaran fins que el regne de Mallorca es rendeixi i juri fidelitat a la corona d’Aragó. Durant les guerres i els conflictes que seguiràn en el segle XIV, l’extracció del ferro augmenta quan l’activitat estava a punt de desapereixer per falta de llenya en els boscos.

Més tard, els partidaris del rei Jaume III (corona de Mallorca) a aquesta zona, pagaran la seva fidelitat i els poblats de Vernet, Cerdanya i Conflent tindràn de pagar molts impostos. També en aquest segle XIV tan dificil, la malaltía de la Pesta s’emporta gran part (la meïtat) de la població.

En el segle XV, Ferran el Catòlic es Rei de Castella. Els seus hereus han esdevingut Reis d’Aragó i per tant han rebut les terres de Catalunya, del Rosselló, del Conflent i de la Cerdanya. Aquestes terres es troben sota domini espanyol i en conflicte amb França.. Lluis XI, que vol que se li tornin els diners que va deixar, ocupa les places fortes del Rosselló. l’any 1493, el seu fill Carles VIII tornarà aquestes places fortes a la Corona d’Aragó per dedicar-se a la conquesta del regne de Napóls L’any 1630, enmig de la guerra dels trenta anys, el Cardenal Richelieu es ministre del rei LLuis XIII. ; importants batalles tenen lloc en el Nord d’Europa on Espanya posseeix els Països Baixos ; en el Rosselló on les tropes franceses destrueixen el Castell de Vernet. L’any 1654. L’any 1659, es firma el famós tractat dels Pirineus que dona els comtats del Nord dels Prineus a França i els comtats del sud dels Pirineus a Espanya. La idea d’una Catalunya gran s’oblida i aquesta partició genera un llarg ressentiment. L’any 1660 , a l’administració Francesa li costa imposar la seva autoritat i molts conflictes en relació amb alguns nous impostos tenen lloc, com ara l’impost sobre la sal (la gabelle) qu’els catalans del Rosselló, Conflent i Cerdanya no pagaban. L’any 1667-1668 amb motiu de la famosa Revolta dels Angelets, hi ha una repressió brutal a Vernet.

A partir de l’any 1678, el arquitecte Vauban fortifica els pobles del Rosselló per protegir la frontera (França i Espanya encara estaban en guerra) ; Mont-LLuis, Vilafranca de Conflent, Arles de Tech, Cotlliure, Bellegarde i sobretot Perpinyà formen una nova xarxa defensiva. En aquests anys, els antics comtats de Catalunya Nord coneixen una greu crisis econòmica i demogràfica. En aquesta época, l’abat de Sant Marti del Canigó, proprietari de les aigües sulfuroses decideix construir un hospital militar a prop de la piscina d’aigüa on tothom es banyava en condicions poc saludables. L’’any 1710, un aiguat molt fort destrueix tot el poblat primitiu de Vilalonga (el qu’estava a riba esquerra del Cadi) i els banys d’aigüa termal estan destruïts per un incendi. A l’any 1715, quan mora el rei LLuis XIV, els antics comtats del Rosselló, Cerdanya i Conflent formen part del regne de França sense peró esser considerat totalment francesos. L’any 1733, el estat francès retira les tropes de guarnició franceses i decideix confiar la protecció de les fortificacions a la propia població local. A mitjans del segle XVIII, l’economía de la provincia ha millorat peró sense tenir el nivell de la provincia veïna del LLenguadoc o tanmateix del Principat de Catalunya.

L’any 1754, amb el regne de LLuis XV, un metge de Montpellier anomenat Venel, valora la qualitat de les aigües termals de Vernet tot i que lamenta la ruïna del edifici i la falta d’equipament. Es demana a l’abat proprietari dels banys que reformi o que vengui els banys si no pot cuidar-los com deu mana. L’any 1783, abans de la revolució Francesa, l’abadía de Sant Martí del Canigó es abandonada i Vernet perd el seu estatut de terra d’esglesia. L’any 1788, es venen els banys a n’el doctor Pierre de Barrera que reforma tot, posa banyeres i cabines, promet qu’els banys seran gratuïts per els pobres i comença a edificar un balneari de debó. L’any 1789, esclata la revolució francesa i l’anomenada provincia del Rosselló, juntament amb alguns pobles de la zona del Fenollèdes, esdevé, l’any 1790, el departament dels Pirineus Orientals. En aquestos anys, a Vernet, el balneari cambia de proprietari i es descobreix una nova font. En el Conflent, la situació es caòtica, i els espanyols invadeixen el poble de Vilafranca. L’any 1795, francesos i espanyols firmen la pau desprès de la mort de Robespierre, peró el departament està destrossat i quan el general Bonaparte (Napoleó) agafa el poder l’any 1799, els Pirineus Orientals estàn submergits per els problemes interns. Entre l’any 1800 i l’any 1808, es tracta de tornar a construir i tot i que la situació econòmica segueixi dificil, l’industria del ferro es refà, en el Conflent. A partir de l’any 1808, la guerra amb Espanya destrossa l’economía dels Pirineus Orientals i ja en aquell moment, la població nord-catalana es sent francesa i assimilada a l’estat francès. Encara que la situació tardi a refer-se, l’agricultura i la viticultura es desarotllen, les activitats turístiques comencen a apareixer i el termalisme –que té molt d’excít amb les classes dirigents- es desarotlla en els pobles de Vernet, Molitg i Amélie-les-Bains (Banys d’Arles).

L’any 1833, un ciuatadà de Vernet desprès de investigar i fer forats, troba tres fonts d’aigüa termal en el seu terreny situat a la riba dreta del Cadi. A partir d’aquell moment, edifica un balneari qu’anomena Thermes Mercader per rebre els « curistes » (banyistes). L’any 1834, el primer balneari, el de la riva esquerra del Cadi, canvia de proprietari i els nous amos, anomenats « els commandants » fan edificar un esplèndid establiment que mès tard esdevindrà l’hotel Ibrahim Pacha. Vernet comença a tenir fama ; per el professor de medecina de Montpellier, el Senyor Anglade, el excit de Vernet es deu a « la bellesa del lloc, la puresa del aire qu’es respira, l’eficiencia de l’aigüa » i també els resultats encoratjadors de la terapia ». Un col.lega del Professor Anglade, el professor Allemand té com a patient, Ibrahim Pacha, el fill del Pacha d’Egipte i de Constantinople. L’any 1846, el metge recomana a n’el seu patient, una estada a Vernet. El princip farà coneíxer el balneari de Vernet d’una manera inédita en aquella primera meïtat de segle i els anys següents, coneguts com « la belle époque ». A partir de l’any 1855, la xarxa de trens s’esten a tot els Prineus Orientals, l’any 1861, torna a arrancar l’activitat de la mina a Vernet, i també s’exploten petites concessions particulars, perqué la gent veu més possibilitats de vendre i distribuir el mineral amb l’arribada del tren fins el Conflent.

Vernet coneix una epoca de bonança económica entre el termalisme, el cultiu d’arbres fruiters i l’explotació de les mines. El Conflent i la Cerdanya es troben asequibles gracies a n’el tren groc. L’any 1880, els hereus de Lacvivier (un dels comandants) venen el balneari a tres socis i desprès a un banquer d’origen portugués, el Comte de Burnay. Aquest industrial nombra com a gestor l’any 1903, un alemán, l’Emile Kiechle. En Kiechle rehabilitará el edifici del balneari i tot l’equipament. Precursor d’una comercialització moderna, en Kiechle s’en va a promoure el balneari en el mercat britànic per el hivern (l’estiu, ja venien l’aristocracia francesa i espanyola). Inicia unes relacions públiques de gran qualitat i estableix relacions seguides amb els més grans diaris britànics. Vernet-les-Bains tindrà molta fama i esdevindrà per els clients britànics « el paradis dels pirineus », nom que li dona el escriptor i poeta Rudyard Kipling. L’any 1914, el Kiechle crea la « Societat termal de Vernet dels Banys » i fa fer una escultura en homenatge al tractat de pau entre frança i Gran Bretanya, firmat l’any 1904 desprès que s’haguessin arreglat els problemes colonials entre els dos països. L’estàtua, esculpida per el artiste Gustave Violet tenía d’inaugurar-se l’agost del 1914, just quan la guerra va esclatar. A més, en Kiechle, que era aleman, va marxar de França. Desprès de la guerra, l’estació termal torna a recuperar el seu « glamour » i els famosos tornen a prendre els banys a Vernet dels Banys.

L’any 1940, el terrible aigüat seguit de la Segona Guerra Mondial deixen el poble i la seva economía malferits.

Es tindrà d’esperar el anys 50 per veure arribar el termalisme social, pagat per el seguro, una activitat que fa viure tot un territori. Una nova etapa s’obrirà per Vernet-dels Banys des de llavors.